Centrum Badawczo-Rozwojowe (CBR) SANPROBI dysponuje zaawansowaną aparaturą badawczą, umożliwiającą kompleksowe badania w zakresie charakterystyki szczepów probiotycznych, analizy składu mikrobiomów oraz metabolitów drobnoustrojów.

Do najważniejszego wyposażenia należą:

  1. Sekwenatory MiSeq i iSeq (Illumina). Sekwenatory nowej generacji (NGS) wykorzystujące technologię SBS (sequencing by synthesis) umożliwiające wysokoprzepustowe sekwencjonowanie wielu różnych fragmentów DNA jednocześnie. Wykorzystywane m.in. do sekwencjonowania zamplifikowanych sekwencji DNA, w tym zmiennych fragmentów 16S/18S/ITS w celu analizy składu populacji badanych mikrobiomów, a także małych genomów prokaryotycznych, wirusów i plazmidów. Analiza danych uzyskanych z wykorzystaniem techniki NGS umożliwia pełną charakterystykę tzw. metagenomów.
  2. 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems). Automatyczny aparat do sekwencjonowania i analizy fragmentów DNA w oparciu o elektroforezę kapilarną z wykorzystaniem znaczników fluorescencyjnych. Wraz z zainstalowanym oprogramowaniem umożliwia identyfikację mikroorganizmów w oparciu o specyficzne sekwencje DNA, porównywanie sekwencji, wykrywanie zmian w sekwencjach tj. mutacje czy warianty genowe oraz zmiany długości fragmentów. Wykorzystywany przede wszystkim do identyfikacji badanych mikroorganizmów oraz klasyfikacji taksonomicznej izolowanych szczepów bakterii.
  3. Spektrometr mas TripleTOF 6600+ (SCIEX). Wykorzystywany do analiz jakościowych i ilościowych, identyfikacji substancji nieznanych, badań metabolitów i biogennych amin.
  4. Cytometr przepływowy CytoFLEX LX (Beckman Coulter). Wykorzystywany do ilościowej oceny bakterii, komórek ludzkich, komórek zwierzęcych oraz mikrocząsteczek. Dzięki wbudowanej pompie perystaltycznej wynik generowany jest jako ilość komórek na określoną objętość próbki.
  5. Sorter komórkowy BD FACS Melody. Posiada 3 lasery (czerwony 640 nm, niebieski 488 nm i fioletowy 405 nm), 9 parametrów fluorescencji i 2 parametry rozproszenia (FSC i SSC). Instrument jest wyposażony w opcję lodówki/grzałki, która zapewnia chłodzenie lub ogrzewanie probówek zbierających płytek wielodołkowych lub szkiełek.
  6. QuantStudio 5 (Applied Biosystems). Aparat do przeprowadzania reakcji real-time PCR – amplifikacji wybranego fragmentu materiału genetycznego z jednoczesnym monitorowaniem zmian w oparciu o fluorescencję, wykorzystywany do ilościowej i/lub jakościowej detekcji specyficznej sekwencji DNA.
  7. Spektrofotometr SPECTROstar Nano (BMG Labtech). Spektrofotometryczny czytnik płytek 96-dołkowych z portem kuwetowym do analiz z wykorzystaniem absorbancji badanych prób w zakresie długości fali 220 – 1000 nm. Umożliwia przeprowadzanie m.in. testów ELISA, oznaczanie stężenia białek, DNA, RNA oraz aktywności enzymów w oparciu o substraty chromogenne.
  8. System do Western Blotting (Applied Biosystems). iBlot i iBind do identyfikacji oraz oznaczania ilości specyficznych białek występujących w badanej próbie w oparciu o metody elektroforetyczne i identyfikację.
  9. Analizatory mikroczipowe MultiNA (Shimadzu) i 2100 Bioanalyzer (Agilent). Zautomatyzowane systemy do przeprowadzania elektroforezy mikroczipowej fragmentów DNA/RNA z wykorzystaniem barwników fluorescencyjnych. Umożliwia ilościowe i jakościowe oznaczenie materiału genetycznego w badanej próbie z dokładnym pomiarem długości analizowanych fragmentów.
  10. DeNovix DS. 11FX. Urządzenie łączące w sobie funkcję spektrofotometru i fluorymetru. Umożliwia oznaczanie ilościowe i jakościowe DNA, RNA i białek w próbie z wykorzystaniem absorbancji i/lub fluorescencji.
  11. Komora klimatyczna. Urządzenie zapewniające stałe warunki pod względem temperatury i wilgotności, wykorzystywane do przechowywania produktów Sanprobi w badaniach stabilności.
  12. Aparat AutoPure Minido izolacji kwasów nukleinowych.  Pozwala na zautomatyzowanie procesu ekstrakcji materiału genetycznego z prób różnego pochodzenia (możliwość izolacji 1-16 prób w jednym cyklu pracy urządzenia).

Laboratoria CBR Sanprobi posiadają na wyposażeniu standardowy zestaw aparatury wymaganej w tego typu pomieszczeniach: komory laminarne do pracy w warunkach sterylnych, mikroskopy świetlne do oceny morfologii komórek, homogenizator do dezintegracji komórek na etapie ekstrakcji związków wewnątrzkomórkowych, inkubatory do hodowli mikrobiologicznych (również w warunkach beztlenowych), systemy oczyszczania wody, autoklawy, automatyczne liczniki komórek i inne. Materiał biologiczny poddawany analizom w CBR Sanprobi przechowywany jest w zależności od wymagań w zamrażarkach -20 lub -80°C.

Laboratorium Analiz Bioinformatycznych i Statystycznych

W laboratorium działu Analiz Bioinformatycznych i Statystycznych wykorzystywane są następujące oprogramowania: Lotus2, NGLess, Qiime2, własne skrypty w językach R i Python, open-source’owe narzędzia dla R i Python wspomagające analizy bioinformatyczne i statystyczne, a także narzędzia wspierające przeprowadzanie analiz w duchu „Reproducible Research” (Jupyter, Snakemake).

Laboratorium Biologii Molekularnej

  • Sekwenatory MiSeq i iSeq (Illumina)
  • 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems)
  • QuantStudio 5  (Applied Biosystems)
  • Sprektrofotometr SPECTROstar Nano (BMG Labtech)
  • System do Western Blotting (Applied Biosystems)
  • Analizatory mikroczipowe MultiNA (Shimadzu) i 2100 Bioanalyzer (Agilent)
  • DeNovix DS. 11FX

Laboratorium Spektrometrii Mas

  • Spektrometr mas TripleTOF 6600+ (SCIEX)

Laboratorium Cytometrii

  • Cytometr przepływowy
  • Sorter komórkowy

Kontakt

E-mail: badania@sanprobi.pl, laboratorium@sanprobi.pl

Nasi specjaliści

  1. Prof. dr hab. n. med. i n. o zdr. Karolina Skonieczna-Żydecka – Dyrektor Centrum Badawczo-Rozwojowego SANPROBI.
  2. Dr n. biol. Joanna Śliwa-Dominiak – Kierownik Laboratorium Kontroli Jakości. Realizuje badania i projekty związane z nowymi szczepami bakterii probiotycznych i ich charakterystyką mikrobiologiczną. Wykorzystuje klasyczne techniki mikrobiologiczne oraz metody biologii molekularnej i cytometrii przepływowej.
  3. Dr n. biol. Anna Wierzbicka-Woś – Kierownik Laboratorium Badawczo-Rozwojowego. Realizuje badania związane z mikroorganizmami i mikrobiomami, stosując metody biologii molekularnej i sekwencjonowania.
  4. Dr n. med. i n. o zdr. Daniel Styburski – Pracownik Laboratorium Spektrometrii Mas. Specjalizuje się w analizie metabolitów w materiale ludzkim oraz prowadzi badania w zakresie profilowania metabolicznego mikroorganizmów.
  5. Dr n. biol. Danuta Cembrowska-Lech – Pracownik Działu Analiz Bioinformatycznych i Statystycznych. Zajmuje się analizą bioinformatyczną oraz statystyczną.
  6. Dr n. med. Katarzyna Sielatycka – Pracownik Laboratorium Cytometrii Przepływowej i Laboratorium Kontroli Jakości. Specjalizuje się w analizach cytometrycznych oraz w walidacji i weryfikacji metodyki liczenia bakterii.
  7. Dr hab. n. med. Mariusz Kaczmarczyk – Kierownik Działu Analiz Bioinformatycznych i Statystycznych. Zajmuje się analizą bioinformatyczną oraz statystyczną.
  8. Dr n. med. Konrad Podsiadło – Pracownik Działu Analiz Bioinformatycznych i Statystycznych. Zajmuje się analizą bioinformatyczną oraz statystyczną.
  9. Mgr Martyna Radaczyńska – Pracownik Laboratorium Kontroli Jakości i Laboratorium Mikrobiologii. Specjalizuje się w badaniach jakości i stabilności produktów oraz w walidacji metod laboratoryjnych.
  10. Dr Alicja Trzeciak-Ryczek – Pracownik Laboratorium Biologii Molekularnej. Realizuje badania związane z mikroorganizmami i mikrobiomami, wykorzystując metody biologii molekularnej.
  11. Mgr Alicja Zenka – Absolwentka Biotechnologii Medycznej na Pomorskim Uniwersytecie Medycznym w Szczecinie. Pracownik Laboratorium Kontroli Jakości i Laboratorium Mikrobiologii. Specjalizuje się w badaniach jakości i stabilności produktów.