Pracownik Laboratorium Biologii Molekularnej w Centrum Badawczo-Rozwojowym SANPROBI.
Realizuje badania i projekty związane z mikroorganizmami i mikrobiomami, z wykorzystaniem metod biologii molekularnej, głównie technik PCR, sekwencjonowania kapilarnego oraz sekwencjonowania nowej generacji (NGS – Next Generation Sequencing). Sekwencjonowanie DNA w połączeniu z bazami danych dostarcza informacji do identyfikacji taksonomicznej mikroorganizmów, jak również danych do obliczeniowych analiz ich genomów. W tym kontekście podejmowane jest główne wyzwanie w mikrobiologii, a mianowicie potrzeba pełniejszego poznania funkcji genów, która będzie wsparciem dla modelowania i prognozowania dynamiki mikroorganizmów.
Jest biologiem z kilkunastoletnim doświadczeniem w laboratorium fizjologii, biochemii i biologii molekularnej, z umiejętnością pracy m.in. z: cytometrem przepływowym, GC-MS, GC-FID, HPLC, UPLCESI(-/+)-MS/MS, MALDI-TOF/TOF, oraz qRT-PCR. Naukowo specjalizuję się w analizie bioinformatycznej RNA-seq i funkcjonalnej genomu (transkryptom, proteom, metabolom) oraz Data Science (programowanie w języku R oraz Phyton, SQL, Data Mining, machine learning, deep learning).
W Laboratorium Sanprobi, do swojej pracy wykorzystuje takie urządzenia, jak:
- system do elektroforezy mikroczipowej DNA/RNA (Bioanalyzer, MultiNA) – mikroprzepływowa analiza jakości i ilości kwasów nukleinowych, która pozwala szybko uzyskać powtarzalne i wysokiej jakości dane w formie cyfrowej,
- sekwenator kapilarny 3500 Genetic Analyzer Applied Biosystems- umożliwia sekwencjonowanie metodą Sangera,
- sekwenatory Illumina: MiSeq oraz iSeq- umożliwiają wysokoprzepustowe odczyty sekwencji DNA poprzez wykorzystanie technologii Sequencing by Synthesis. Urządzenie przeznaczone jest przede wszystkim do sekwencjonowania wybranych fragmentów genomu (uzyskanych w wyniku amplifikacji czy kierunkowego wzbogacania – „target enrichment”), analiz metagenomicznych, badania ekspresji genów, czy też sekwencjonowania małych genomów.