Kierownik Działu Analiz Bioinformatycznych i Statystycznych

Dr hab. Mariusz Kaczmarczyk ukończył z wyróżnieniem wydział lekarski Pomorskiej Akademii Medycznej w Szczecinie (aktualnie Pomorski Uniwersytet Medyczny w Szczecinie). Jest również absolwentem Politechniki Szczecińskiej (obecnie Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny) i posiada tytuł inżyniera w zakresie informatyki.

W początkach swojej działalności naukowej koncentrował się na zagadnieniach biologii molekularnej i genomiki. Zagadnienia te stanowiły podstawę uzyskania w 2004 roku stopnia doktora nauk medycznych (z wyróżnieniem cum laude), a w roku 2017 stopnia doktora habilitowanego. Aktualnie jego zainteresowania skupiają się w obszarze metagenomiki ludzkiego mikrobiomu jelitowego. Dzięki wyjątkowemu połączeniu wiedzy medycznej z umiejętnościami z zakresu informatyki, biostatystyki i bioinformatyki rozwija i realizuje zainteresowania w dynamicznie rozwijającej się dziedzinie zwanej „Computational Biology”.

Dr Mariusz Kaczmarczyk zajmuje się przetwarzaniem i kompleksową analizą złożonych i wielowymiarowych danych metagenomowych (sekwencjonownie amplikonów 16S, sekwencjonowanie całogenomowe), metabolomicznych oraz metadanych. Specjalizuje się w prowadzeniu zaawansowanych analiz statystycznych, Data Mining, Data Science (Python, R, bash), uczeniu maszynowym i wizualizacji danych. Brał udział w realizacji wielu projektów naukowych. Współpracuje z zagranicznymi ośrodkami naukowymi, w tym z jednym z wiodących ośrodków zajmujących się badaniem ludzkiego mikrobiomu – Max Delbrück Center w Berlinie. Jego szczególne zainteresowanie dotyczy zastosowania algorytmów uczenia maszynowego oraz analiza multiomiczna, jako narzędzi do poznania złożonych i wielokierunkowych oddziaływań między mikrobiotą i gospodarzem oraz translacji gromadzonej tym obszarze wiedzy.

Wybrane publikacje naukowe:

  1. Kaczmarczyk M, Löber U, Adamek K, Węgrzyn D, Skonieczna-Żydecka K, Malinowski D, Łoniewski I, Markó L, Ulas T, Forslund SK, Łoniewska B. The gut microbiota is associated with the small intestinal paracellular permeability and the development of the immune system in healthy children during the first two years of life. J Transl Med. 2021 Apr 28;19(1):177. doi: 10.1186/s12967-021-02839-w. PMID: 33910577; PMCID: PMC8082808.
  2. Kaczmarczyk M, Szulińska M, Łoniewski I, Kręgielska-Narożna M, Skonieczna-Żydecka K, Kosciolek T, Bezshapkin V, Bogdański P. Treatment With Multi-Species Probiotics Changes the Functions, Not the Composition of Gut Microbiota in Postmenopausal Women With Obesity: A Randomized, Double-Blind, Placebo-Controlled Study. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Mar 11;12:815798. doi: 10.3389/fcimb.2022.815798. PMID: 35360106; PMCID: PMC8963764.
  3. Misiak B, Piotrowski P, Cyran A, Kowalski K, Samochowiec J, Jabłoński M, Plichta P, Łaczmański Ł, Żebrowska P, Kujawa D, Łoniewski I, Kaczmarczyk M. Gut microbiota alterations in stable outpatients with schizophrenia: findings from a case-control study. Acta Neuropsychiatr. 2023 Jun;35(3):147-155. doi: 10.1017/neu.2022.38. Epub 2022 Dec 12. PMID: 36503629.