Wstępną identyfikację taksonomiczną bakterii na poziomie genetycznym przeprowadzamy na podstawie fragmentu genu kodującego podjednostkę 16S rRNA o długości ok. 1400 pz. W tym celu amplifikujemy docelowy fragment techniką PCR, a następnie analizujemy uzyskane fragmenty z wykorzystaniem elektroforezy kapilarnej, przeprowadzanej na aparacie 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems). Uzyskane sekwencje są analizowane z wykorzystaniem oprogramowania CLC Genomic Workbench (Qiagen).
