Izolacja materiału genetycznego jest przeprowadzana z wykorzystaniem zestawu dedykowanego do izolacji DNA z prób kałowych. Stosuje się również metody manualne (Qiagen, ZymoResearch) lub zautomatyzowane (AutoPure Mini z odczynnikami A&A Biotechnology).


Materiał genetyczny po izolacji jest sprawdzany pod kątem ilościowym i jakościowym za pomocą metod: fluorymetrycznej oraz spektrofotometrycznej.