Niecelowane analizy metabolomiczne mają na celu zmierzenie podczas pojedynczego eksperymentu możliwie dużej ilości cząstek (metabolitów), które w wyniku dalszej analizy mogą posłużyć do wyznaczania nowych kierunków badań i tworzenia nowych hipotez badawczych. Badania prowadzone są w różnych rodzajach matryc: próby kałowe, mocz, surowica, hodowle bakteryjne i komórkowe, liofilizaty etc.
Nicelowana metabolomika – metoda polega na identyfikacji metabolitów zawartych w próbce oraz określeniu ich względnych ilości w badanych próbach.