DNA genomowe z badanego szczepu mikroorganizmu prokariotycznego jest fragmentowane, a następnie biblioteka otrzymana z tych fragmentów jest sekwencjonowana metodą shotgun NGS. Liczba odczytów niezbędnych do złożenia genomu jest szacowana w oparciu o przeciętną, specyficzną dla danego gatunku, wielkość genomu, tak aby uzyskać pokrycie 100-150 razy.
