W zależności od założeń projektu badawczego biblioteki z DNA metagenomowego są przygotowywane do sekwencjonowania NGS metodą:

  • amplikonową, gdzie specyficzny fragment DNA (zmienny odcinek v3v4 genu 16S rRNA) jest powielany z wykorzystaniem specyficznych starterów w reakcji PCR; do sekwencjonowania wykorzystywany jest fragment genu występujący w genomach wszystkich mikroorganizmów prokariotycznych, co pozwala na analizę różnorodności populacji mikroorganizmów występujących w badanej próbie;
  • shotgun sequencing, gdzie DNA metagenmowe jest fragmentowane do długości ok. 300 pz i całość wykorzystywana jest do utworzenia bibliotek, które po zsekwencjonowaniu pozwolą na odczytanie sekwencji genomów mikroorganizmów występujących w badanej próbie, co umożliwi zarówno dokładniejszą analizę różnorodności mikrobioty, jak również analizę funkcjonalną polegającą na identyfikacji genów odpowiedzialnych za szlaki metaboliczne czy genów warunkujących antybiotykooporność.