Sekwencjonowanie NGS przeprowadzane jest na aparatach Illumina MiSeq oraz iSeq. Długość sekwencjonowanych fragmentów, w zależności od wymagań projektu, waha się między 300 a 600 pz. Liczba odczytów uzyskiwanych na próbę jest uwarunkowana typem sekwencjonowanych bibliotek oraz ilością danych niezbędnych do przeprowadzenia analiz bioinformatycznych.
