Fizjologiczna struktura, selektywnie przepuszczalna, oddzielająca światło jelita od środowiska wewnętrznego ustroju. Składa się m. in. z elementów mechanicznych (śluzu, komórek nabłonka), immunologicznych (limfocytów, komórek wrodzonej odpowiedzi odpornościowej), tkanki mięśniowej i nerwowej.
Przewód pokarmowy jest pierwszą linią obrony, w której komórki nabłonkowe stanowią barierę fizyczną przed patogenami. Szacuje się, że przewód pokarmowy jest miejscem bytowania ok. 70% populacji limfocytów, co czyni go największym organem immunologicznym w naszym organizmie. Bariera jelitowa silnie oddziałuje z mikrobiotą jelitową. W kontakcie z bakteriami kształtuje specyficzną odpowiedź immunologiczną.