Skrót CFU wywodzi się z angielskiego wyrażenia colony-forming unit, czyli jednostka tworząca kolonie. CFu jest jednostką, która pozwala określić liczbę bakterii w danym materiale, który w tym wypadku stanowi jedną kapsułkę/saszetkę probiotyku. Oznaczenie liczby bakterii w preparacie jest bardzo ważne z klinicznego punktu widzenia. Jeżeli liczba bakterii jest nieodpowiednia, nie są one w stanie skolonizować jelita, a efekty są krótkotrwałe. W preparacie znajduje się zazwyczaj od 106 do 1010 CFU na kapsułkę.
Każdy probiotyk powinien przejść przynajmniej jedno badanie w celu sprawdzenia, czy liczba dostarczonych szczepów jest odpowiednia. Godny zaufania producent powinien informować, ile CFU znajduje się w jednej porcji suplementu oraz wyznaczyć dawkowanie preparatu. Te informacje znajdują się zazwyczaj na opakowaniu i/lub ulotce.