Skrót od angielskiego terminu Fecal Microbiota Transplantation – przeszczepianie mikrobioty jelitowej. FMT oznacza przeniesienie mikroorganizmów bytujących w jelicie zdrowego dawcy do przewodu pokarmowego biorcy. Polega na podaniu odpowiednio wyselekcjonowanej i przygotowanej zawiesiny kału od zdrowego dawcy do jelita chorego (wlew, kapsułki itp.) w celu odtworzenia/uzupełnienia składników prawidłowej mikrobioty jelitowej.