Mikrobiota jelitowa (kiedyś nazywana florą bakteryjną jelit) to grupa mikroorganizmów w ciele człowieka, które stanowią głównie bakterie, wirusy, grzyby i pierwotniaki. Większość mikroorganizmów wpływa korzystnie na wiele pożytecznych funkcji w ciele człowieka, między innymi na fermentację składników pokarmowych, zwalczanie niektórych chorób i drobnoustrojów oraz syntezę witamin i hormonów. Mikrobiota zamieszkuje głównie jelito grube. Odgrywa ważną rolę w procesach trawienia, wchłaniania, metabolizmu oraz w kształtowaniu odporności organizmu człowieka.
Nieprawidłowe funkcjonowanie mikrobioty może doprowadzić do poważnych zaburzeń w układzie pokarmowym, barierze jelitowej, procesach autoimmunologicznych, a nawet psychicznych! U osób chorych, np. na depresję, cukrzycę, zespół jelita nadwrażliwego i atopowe zapalenie skóry, obserwuje się zaburzoną mikrobiotę jelitową.
Najsilniej na jej pogorszenie wpływają antybiotyki, silny stres, wysokoprzetworzona dieta, alkohol, a także zanieczyszczenie środowiska.
